http://blog.esuteru.com/archives/2175669.html
私はもちろん専門家じゃないですけど、液晶メガネ式だけではなくてViewMasterやレンチキュラー、ミラー式の立体視物を結構持ってる経験から言わせてもらうと・・・
やはりそれらの3-D立体視は不自然で距離感に関しては完全に擬似なので、身体組織が発達中、ということは可塑性が強くて下手すると歪む可能性がある子供にはあまり薦めないほうがいいだろうと思います。
「目の成長」と限定してしまうと眼球などだけと思われがちだけど、視神経や脳の統合機能、認知能力も含めて考えた方がいい。任天堂の注意書きはもっと真面目に受け取られても良いと思う。
ViewMasterは数十年も前から存在するけど、ゲームのように何時間も見続けるものではないから影響は些細なものでしょう。